Gần hơn nửa thế kỷ vừa qua, mối liên hệ giữa khoa học và tôn giáo thường bị coi là một chiến trường tư tưởng. Nhưng đó là lẻ thường tình. Giống như bất cứ một mối liên hệ nào cũng có sự xung khắc và cũng có sự hòa hợp. Chính Albert Einstein cũng có lần nói rằng, "Khoa học không có tôn giáo thì bị què, và tôn giáo không có khoa học thì mù quáng." Mặc dầu ông không có tin vào Đức Chúa Trời của Kinh Thánh, nhưng tin vào Đức Chúa Trời theo triết gia Spinoza, ý tưởng của Einstein làm cho chúng ta phải suy nghĩ. Nó đưa ra ý kiến rằng khoa học và tôn giáo cùng thừa hưởng một mối liên hệ hữa ích. Từ thế kỷ thứ 16th đến thế kỷ thứ 19th, sự bùng nổ của những khám phá khoa học lại càng thuyết phục các nhà tư tưởng rằng vụ trụ là một cái máy vĩ đại có thể được phân tích mà không cần phải tham vấn với Đấng Tạo Hóa. Cho đến thế kỷ thứ 20th và nay đầu thế kỷ 21st, sự tiến triển vượt bực của khoa học trong lãnh vực y-học hiện đại và phát minh tinh vi trong lãnh vực công nghệ lại càng làm vững vàng hơn tư tưởng cho rằng vũ trụ là một cơ chế độc lập.
Trong lịch sử nguyên thủy, con người thấy mình ở trong một thế giới vừa bình thường và vừa bất thường. Ban ngày và ban đêm của một ngày, mùa màng của một năm, tuần trăng nhật, chu kỳ của cuộc sống, làm thành một đáy biển của sự dự đoán để con người có thể hoạt động trong cuộc sống hang ngày. Nhưng chồng lên cái đáy biển đó là nạn động đất, lũ lụt, hạn hán, bệnh dịch, và bệnh tật - những thiên tai xảy ra bất ngờ và không báo trước. Qua Viển Vọng Kính của Lời Chúa
Chính trong lời Chúa chúng ta tìm thấy sự phát biểu quan trọng nhất về giá trị của thiên nhiên. Thế giới này là thế giới của Thượng Đế; con người là sự sáng tạo của Thượng Đế, mặc dầu phản nghịch, phạm tội và sa ngã. Sự cứu rỗi không phải bằng cách chạy trốn khỏi thế giới này nhưng bằng cách Đức Chúa Trời đến với con người trong hình hài con người, trong chính kinh nghiệm hi hữu của Ngài. Sự cứu rỗi không bao giờ có nghĩa là chạy trốn khỏi thế giới này; trong thực thế, nó có nghĩa là, Đức Chúa Trời hạ mình xuống giáng trần để đem con người qua kinh nghiệm hi hữu đến với sự thông công mật thiết với Đấng Tạo Hóa. Vì thế sự hoàn tất của sự cứu rổi đem đến tánh cách tận cùng của thế gian, sự chết và sự phán xét, thiên đàng và địa ngục. Sự cứu rỗi không có nghĩa là sự tụ họp của những linh hồn công nghĩa ở thiên đàng, nhưng là sự tụ họp của người được cứu trong một thế giới được cứu chuộc để hoàn toàn thông công với Thượng Đế. Theo Thomas, Thượng Đế bày tỏ chính mình Ngài qua thiên nhiên, vì thế việc nghiên cứu thiên nhiên là học hỏi Thượng Đế. Mục đích của việc học thần học, trong tâm tưởng của Thomas, là dùng lý luận để nắm vững chân lý về Đức Chúa Trời và kinh nghiệm sự cứu rổi qua chân lý đó.
Thomas đóng vai trò quan trọng trong việc thay đổi xu hướng cho rằng thiên nhiên vốn đã bị hư đồi. Khi thiên nhiên được phục hồi chỗ đứng của nó, sự ưa thích quan tâm về thế giới vật chất gia tăng và sự nghiên cứu về thiên nhiên được coi như là sự đeo đuổi cao quý. Điều này là nền móng cho tiến bộ văn hoá và công nghệ đến tiếp sau đó.
Aquinas biện luận rằng vũ trụ thật có thể hiểu đưọc bằng trí óc không phải vì nó là sản phẩm của một nguyên nhân vô cớ, nhưng vì nó được sáng tạo bởi một Đấng Sáng Tạo Chí Lý. Đức Chúa Trời này tuy rằng có vẻ xa xôi với sự sáng tạo của Ngài, thật ra Ngài duy trì nó và giá trị nó, và vì lý do đó Ngài dự định cho nó có sự vinh quang. Trong chương trình đó, Ngài ban cho một sinh vật đặc biệt do Ngài sáng tạo - con người - một sự thông minh, cho con người khả năng lý trí của Ngài để con người quản trị muôn vật, hay nói đúng ra con người quản trị sự sáng tạo của Ngài. Theo Thomas Aquinas, đó là Đức Chúa Trời của Kinh Thánh. 